霍林郭勒市纪委监委机关下设12个内设机构。分别是：办公室、组织部（纪检监察干部监督室）、宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、第一至第五纪检监察室。

霍林郭勒市纪委监委下设13个派驻机构。分别是：派驻第一至第十纪检监察组、派驻市公安局纪检监察组、派驻市人民检察院纪检监察组、派驻市人民法院纪检监察组。

霍林郭勒市纪委监委机关直属二级事业单位2个。分别为：反腐倡廉电教培训中心（信息中心），机关事务服务中心。